Sau khi bị bắt giữ, Shamil bị đưa tới Saint Petersburg để gặp Hoàng đế Alexander II. Sau đó ông bị lưu đày tới Kaluga, khi ấy là một thị trấn nhỏ gần Moskva. Sau nhiều năm tại Kaluga ông phàn nàn với chính quyền về khí hậu, và vào tháng 12 năm 1868 Shamil được phép chuyển tới Kiev, một trung tâm thương mại ở phía tây nam Đế chế. Tại Kiev ông được cấp một ngôi nhà lớn ở phố Aleksandrovskaya. Chính quyền Đế quốc ra lệnh cho người chỉ huy cảnh sát Kiev giữ Shamil "chặt chẽ nhưng không giám sát quá đáng" và trao cho thành phố một khoản tiền lớn để cung cấp cho các nhu cầu của ông. Shamil dường như đã thích sự giam giữ xa xỉ này, cũng như thành phố Kiev, điều này đã được xác nhận trong những bức thư ông gửi đi từ đây.[1]

Năm 1869 ông được phép thực hiện chuyến hành hương tới thành phố Mecca linh thiêng. Đầu tiên ông đi từ Kiev tới Odessa và sau đó đi tàu tới Istanbul, nơi ông được Sultan Abdulaziz của Đế chế Ottoman chào đón. Ông trở thành một vị khách tại Cung điện Topkapi của Đế quốc trong một thời gian ngắn và rời Istanbul trên một con tàu cho Sultan cấp riêng cho ông. Sau khi hoàn thành cuộc hành hương tới Mecca, ông mất tại Medina năm 1871 trong khi đang thăm thành phố này, và được chôn cất tại Jannatul Baqi, một nghĩa trang lịch sử tại Medina nơi nhiều nhân vật nổi tiếng của lịch sử Hồi giáo được chôn cất. Hai người con trai lớn của ông, (Cemaleddin và Muhammed Şefi), mà ông để lại Nga để được phép tới Mecca, trở thành các sĩ quan trong quân đội Nga, trong khi hai người con trai nhỏ, (Muhammed Gazi và Muhammed Kamil), phục vụ trong quân đội Thổ Nhĩ Kỳ.

Said Shamil, một người cháu trai của Imam Shamil, trở thành một trong những người sáng lập Cộng hoà Miền núi Bắc Caucasus, tồn tại trong giai đoạn 1917 và 1920 và sau này, vào năm 1924, ông đã thành lập "Uỷ ban Độc lập cho Caucasus" tại Đức.